Không rõ về từ nguyên chính xác của "Bhutan", song có vẻ nó bắt nguồn từ "Bod" (Tây Tạng) trong tiếng Tây Tạng. Theo truyền thống, nó được cho là bắt nguồn từ một chuyển tự của tiếng Phạn là Bhoṭa-anta "cuối của Tây Tạng", ám chỉ vị trí của Bhutan là cực nam của cao nguyên và văn hóa Tây Tạng.[10][11][12]

Từ đầu thế kỷ XVII, tên chính thức của Bhutan trong tiếng bản địa là Druk yul (quốc gia của dòng Drukpa, Người Rồng, hoặc Đất của Rồng Sấm, ám chỉ phái Phật giáo chi phối toàn quốc), còn Bhutan chỉ xuất hiện trong các thư từ chính thức bằng tiếng Anh.[12]

Các tên gọi tương tự Bhutan — bao gồm Bohtan, Buhtan, Bottanthis, Bottan và Bottanter — bắt đầu xuất hiện tại châu Âu khoảng thập niên 1580. Sáu Hành trình của Jean-Baptiste Tavernier vào năm 1676 có ghi chép đầu tiên về tên gọi Boutan. Tuy nhiên, trong mọi trường hợp, chúng có vẻ miêu tả không phải Bhutan hiện đại mà là Vương quốc Tây Tạng. Phân biệt thời hiện đại giữa hai thực thể Tây Tạng và Bhutan chỉ bắt đầu sau hành trình của thám hiểm Scotland George Bogle vào năm 1774 — nhận thức khác biệt giữa hai khu vực, văn hóa và nhà nước, báo cáo chung cuộc của ông cho Công ty Đông Ấn Anh chính thức đề xuất định danh cho vương quốc của Druk Desi (nhiếp chính Bhutan) là "Boutan" và vương quốc của Ban Thiền Lạt Ma là "Tibet" (Tây Tạng). Một nhà địa lý học của Công ty này là James Rennell Anh hóa tên gọi trong tiếng Pháp thành Bootan và sau đó phổ biến khác biệt giữa quốc gia này và Tây Tạng.[13]